בבית החולים אלי"ן עובדים אנשי צוות מהטובים בתחומם.
הצוות המקצועי מחולק לענפים מקצועיים על פי עיסוקם:
- רפואה - רופאי הבית ורופאים מומחים במרפאות החוץ
- סיעוד -צוות אחיות העוסקות מסביב לשעון בטיפול בילדים
- פיזיותרפיה - פיזיותרפיסטים בכירים ובעלי ניסיון רב בשיקום ילדים ונוער
- ריפוי בעיסוק -מרפאות בעיסוק בעלות התמחות בשיקום ילדים, בטיחות ילדים והתאמת אביזרים
- פסיכולוגיה -ענף זה כולל פסיכולוגים ובמסגרתו פועלים גם ליצנים רפואיים, מטפלות באומנות ומטפלות בסיוע בעלי חיים
- עבודה סוציאלית - עובדות סוציאליות מלוות את המשפחות ומנטרות את מצבם הנפשי-רגשי של הילדים.
- קלינאות תקשורת - קלינאיות תקשורת המתמחות בטיפולי שיקום, אכילה ותקשורת חליפית
- צוות חינוכי - מורות, גננות וסייעות
- מנהלה - כספים והנהלת חשבונות, משאבי אנוש, מטבח, אחזקה, מחשוב, רכש, גיוס משאבים, קבלת חולים, מחקר וספריה מקצועית