המרפאות באלי"ן פועלות כמרפאות רב-תחומיות, מרפאות ייחודיות או מרפאות לטיפולים אמבולטוריים, ונותנות מענה לצרכים של ילדים עם בעיות מולדות או נרכשות. האבחנות נעות בין בעיות פשוטות יחסית ועד למחלות נדירות. הצוות הרפואי והפרא-רפואי פועל בשיתוף פעולה כדי להעניק טיפול מקיף ומלא. את המרפאות מנהלים רופאים בכירים ובעלי ניסיון רב.
המעקב במסגרת המרפאות הוא ארוך טווח – החל מהאבחון הראשוני, דרך תקופות טיפול אינטנסיביות באשפוז ובמרפאות החוץ, ועד ללווי הילד והמשפחה בקהילה.