מקצועות הבריאות
הצוות המקצועי בבית החולים כולל אנשי צוות ממגוון מקצועות רפואיים ומקצועות הבריאות. אנשי הצוות מחולקים לענפים מקצועיים שבראש כל ענף עומד ראש ענף האחראי לפן המקצועי ולהדרכת אנשי הצוות.
הענפים המקצועיים: רפואה, סיעוד, פיזיותרפיה, ריפוי בעיסוק, קלינאות תקשורת, פסיכולוגיה ועבודה סוציאלית.

פיזיותרפיה
בצוות הפיזיותרפיסטים אנשי מקצוע מנוסים המתמקדים בשיפור התפקוד המוטורי והנשימתי, הכולל בין השאר ניידות, ליקויי יציבה וסבולת. הטיפולים מבוצעים ביבשה בשילוב שימוש בציוד מתקדם ובבריכה הטיפולית (הידרותרפיה).
קלינאות תקשורת
צוות קלינאי התקשורת באלי"ן הוא מוכשר ומיומן בשיטות הטיפול העכשיות המוכרות למקצוע. הצוות פעיל בתחום המחקר וההדרכה האקדמית. באלי"ן עומד לרשות המטפלים הציוד החדשני ביותר.
מרכז תקשורת תומכת וחליפית
המרכז להשאלת מכשירי תקשורת באלין
תקשורת עם מסכות
ריפוי בעיסוק
צוות הריפוי בעיסוק מתמקד בשיפור עצמאות התפקוד של הילד במטרה לספק כלים ומיומנויות חברתיות , מיומנויות משחק ועבודה אשר יאפשרו לילד להתמודד עם דרישות החיים.

סיעוד
צוות האחיות והאחים מלווה את הילד/ה לאורך כל היממה, כל ימות השבוע, בכל תחומי הטיפול, מתוך ראייה כוללת של הצרכים הרפואיים, הפיזיים, הנפשיים והיומיומיים שלו/ה ושל המשפחה.

פסיכולוגיה
השירות הפסיכולוגי שם לעצמו למטרה לחזק את חווית המסוגלות העצמית של המשתקם ולסייע לו בפיתוח מיומנויות חברתיות ורגשיות.

עבודה סוציאלית
העובדים הסוציאליים מתמקדים במשפחה ובסביבה ורואים את הילד כחלק מהיחידה המשפחתית והקהילה אליה משתייך. לפיכך ליווי הילד והמשפחה נעשה על ידי העו"ס באופן רציף החל מהיכרות ראשונית טרום הקבלה, ליווי בקליטה, במהלך השיקום ועד תכנון וביצוע החזרה לקהילה.

רפואה
צוות רופאים של בית החולים אלי"ן כולל מומחים מהתחומים השונים הקשורים בלקויות הילדים: מומחים ברפואת ילדים, אורטופדיית ילדים, נוירופדיאטריה, אורולוגיית ילדים, וכן ייעוץ של מומחי שיקום, מחלות זיהומיות, מחלות ריאה, נוירוכירורגיה, פסיכיאטריה ועוד.